MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/CV204 plasmid pL2bCV204

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020955	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020955	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020955	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020955	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020955	TTG	2	6	106	111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020955	GTT	2	6	194	199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463953
7	NC_020955	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478463953
8	NC_020955	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478463953
9	NC_020955	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478463953
10	NC_020955	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478463953
11	NC_020955	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478463953
12	NC_020955	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478463953
13	NC_020955	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478463953
14	NC_020955	GGA	2	6	782	787	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463953
15	NC_020955	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463953
16	NC_020955	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478463953
17	NC_020955	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020955	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463954
19	NC_020955	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463954
20	NC_020955	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463954
21	NC_020955	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478463954
22	NC_020955	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478463954
23	NC_020955	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463954
24	NC_020955	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478463954
25	NC_020955	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478463954
26	NC_020955	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463954
27	NC_020955	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463954
28	NC_020955	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478463954
29	NC_020955	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478463954
30	NC_020955	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478463954
31	NC_020955	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463954
32	NC_020955	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463954
33	NC_020955	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478463954
34	NC_020955	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478463954
35	NC_020955	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478463954
36	NC_020955	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463954
37	NC_020955	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463954
38	NC_020955	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020955	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020955	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020955	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463955
42	NC_020955	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463955
43	NC_020955	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463955
44	NC_020955	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463955
45	NC_020955	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463955
46	NC_020955	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478463955
47	NC_020955	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463955
48	NC_020955	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478463955
49	NC_020955	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478463955
50	NC_020955	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478463955
51	NC_020955	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463955
52	NC_020955	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463955
53	NC_020955	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463955
54	NC_020955	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463955
55	NC_020955	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478463955
56	NC_020955	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463955
57	NC_020955	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463955
58	NC_020955	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463955
59	NC_020955	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	478463955
60	NC_020955	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463955
61	NC_020955	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478463955
62	NC_020955	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478463955
63	NC_020955	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478463955
64	NC_020955	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463955
65	NC_020955	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478463955
66	NC_020955	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463956
67	NC_020955	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463956
68	NC_020955	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478463956
69	NC_020955	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463956
70	NC_020955	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463956
71	NC_020955	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478463956
72	NC_020955	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463956
73	NC_020955	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463956
74	NC_020955	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463956
75	NC_020955	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478463956
76	NC_020955	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463956
77	NC_020955	ACGTTA	2	12	4369	4380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463956
78	NC_020955	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478463956
79	NC_020955	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478463956
80	NC_020955	TTGG	2	8	4483	4490	0 %	50 %	50 %	0 %	478463956
81	NC_020955	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463956
82	NC_020955	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463956
83	NC_020955	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478463956
84	NC_020955	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478463956
85	NC_020955	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478463956
86	NC_020955	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463956
87	NC_020955	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	478463956
88	NC_020955	ATTT	2	8	4663	4670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020955	A	6	6	4683	4688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020955	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463957
91	NC_020955	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463957
92	NC_020955	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463957
93	NC_020955	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463957
94	NC_020955	TGG	2	6	4965	4970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463957
95	NC_020955	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463957
96	NC_020955	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463957
97	NC_020955	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463957
98	NC_020955	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463957
99	NC_020955	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463957
100	NC_020955	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463957
101	NC_020955	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463957
102	NC_020955	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463957
103	NC_020955	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463957
104	NC_020955	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463957
105	NC_020955	ATT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463957
106	NC_020955	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	478463957
107	NC_020955	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	478463957
108	NC_020955	A	6	6	5536	5541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020955	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463958
110	NC_020955	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	478463958
111	NC_020955	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463958
112	NC_020955	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463958
113	NC_020955	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	478463958
114	NC_020955	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	478463959
115	NC_020955	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463959
116	NC_020955	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463959
117	NC_020955	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	478463959
118	NC_020955	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463959
119	NC_020955	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	478463959
120	NC_020955	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	478463959
121	NC_020955	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463959
122	NC_020955	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463959
123	NC_020955	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463959
124	NC_020955	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	478463959
125	NC_020955	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463959
126	NC_020955	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463959
127	NC_020955	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	478463959
128	NC_020955	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	478463959
129	NC_020955	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	478463959
130	NC_020955	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463959
131	NC_020955	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463959
132	NC_020955	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	478463959
133	NC_020955	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	478463959
134	NC_020955	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463959
135	NC_020955	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463959
136	NC_020955	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	478463959
137	NC_020955	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463959
138	NC_020955	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463959
139	NC_020955	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463959
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.